1959年にディ・ナポリ神父によって建てられた。初め信者は6名ほどから始まった。日南教会のファチマの聖母像があるが、それは第一次世界大戦の時に中国で宣教していたジノ・ボットン神父が多くの少女や修道女達を守るために日本兵から殺された。 その司祭の妹が、 ディ・ナポリ神父が日本に来るときに 「私の兄の神父を殺した日本人を赦し、 カ ト リ ック的な愛のために、 また日本人のためにこの聖母像を贈り ますので、 ぜひ教会に置いてくたさい。 」 と願いを込めて贈られたものである。
そのために日南教会はファチマの聖母に捧げられている。
またディ ・ ナポ リ神父は1987年に隣接している串間市に串間教会を建てた